ตราสัญลักษณ์ประจำองค์การ ได้เริ่มมีขึ้นในสมัย ผู้อำนวยการ นายยอด วัฒนสินธุ์ โดยมีความหมายดังนี้
“วัวสองแม่ลูกหันหน้าเข้าหากัน” บ่งบอกถึงการเป็นแหล่งเลี้ยงโคนมมีความรักความผูกพัน ความสามัคคี กลมเกลียว และความร่วมมือพึ่งพาอาศัยกัน คล้ายกันกับ อ.ส.ค. กับ เกษตรกรชาวโคนม
“วัวสีแดง” คือสีของแม่โคลูกโค ซึ่งหมายถึงความเป็นสิริมงคล ตามอิทธิพลของสีที่มีมาตั้งแต่ครั้งโบราณ อันจะนำไปสู่โชคลาภ ความดีงาม ความเจริญ
“อักษร อ.ส.ค.” เป็นชื่อย่อขององค์การตามพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งองค์กร
“คอกโค” เป็นคอกโคนมประวัติศาสตร์คอกแรกของ ฟาร์มโคนมไทย – เดนมาร์ค
“วงกลมที่ล้อมรอบ” บอกถึงการดำรงคงอยู่อย่างไม่สิ้นสุดยุติ ไม่มีจุดสุดท้าย
“สีของดวงตรา” ดวงตราขององค์การมี 3 สี คือ สีแดง สีขาว และสีน้ำเงิน ซึ่งเป็นสีของธงไตรรงค์ ธงประจำชาติของไทย เพื่อระลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ที่ทรงให้กำเนิดและพระราชทานอาชีพการเลี้ยงโคนมแก่ปวงพสกนิกรไทย
วิวัฒนาการตราสัญลักษณ์ไทย-เดนมาร์ค
